Skalný patří mezi významné geologické lokality. Vyčnívá zde soustava pozoruhodných skalních útvarů. Tvoří je masivní pískovce a slepence rusavských vrstev zlínského souvrství z období eocénu. Zlínské souvrství patří k račanské jednotce magurského flyšového pásma. Skalní útvary na Skalném vytvořila mrazová destrukce nejvyšších partií výrazného strukturního hřbetu. V prostoru Skalného se nachází několik izolovaných skalisek, které mají podle tvaru tradiční názvy. Jsou to např. Orel, Zub či Žába.
Pokud jde o celé Hostýnské vrchy, patří mimo malé části při severním úpatí (slezská a podslezská jednotka vnějšího flyšového pásma) k račanské jednotce magurského flyšového pásma. Jsou součástí Západních Karpat. Usazeniny flyšového pásma se vyznačují mnohonásobně opakovaným střídáním jílovců a pískovců, místy s polohami slepenců. Flyšová sedimentace začala ve spodní křídě a je ukončena ve svrchním eocénu, místy až ve spodním oligocénu (viz stratigrafické schéma). Nejvyšší část v račanské jednotce zaujímá zlínské souvrství. Skalní výchozy rusavské vrstvy zlínského souvrství se mimo Skalného vyskytují např. v PR Smrdutá (zastavení č.7) a PR Sochová.
Z geomorfologického hlediska se Hostýnské vrchy dělí na 4 celky. Severozápadní část tvoří Rusavská hornatina (nejvyšším bodem je Kelčský Javorník 864,7 m n. m.), na severovýchodě se nachází Hošťálkovská vrchovina (Čečetkov 686,6 m n. m.), jihovýchodní částí jsou Liptálské hřbety (Humenec 703,4 m n. m.) a jihozápadní část se nazývá Lukovská vrchovina (Ondřejovsko 633,8 m n. m.).