Za zvláště chráněná (ZCHÚ) lze vyhlásit území přírodovědecky či esteticky velmi významná nebo jedinečná. Přírodní rezervace (PR) je menší území soustředěných přírodních hodnot se zastoupením ekosystémů typických a významných pro příslušnou geografickou oblast. Přírodní památka (PP) je přírodní útvar menší rozlohy, zejména geologický či geomorfologický, naleziště vzácných nerostů či ohrožených druhů ve fragmentech ekosystémů, s regionálním ekologickým, vědeckým či estetickým významem, a to i takový, který vedle přírody formoval svou činností člověk. V přírodním parku Hostýnské vrchy se v současné době nachází 6 přírodních rezervací a 15 přírodních památek o celkové ploše 280 ha.
PR Smrdutá byla vyhlášena pro ochranu přirozeného ekosystému svahového suťového lesa v submontánním stupni, ochranu druhové skladby a genové rozmanitosti přirozeného lesního porostu. Její plocha je 6,5137 ha. Podrobnější informace lze nalézt na informační tabuli v horní části PR (u severozápadního okraje).
Z dalších ZCHÚ v přírodním parku, které se nachází mimo trasu naučné stezky lze jako příklady uvést lesní přírodní rezervace Kelčský Javorník (která je s výměrou přes 122 ha největším chráněným územím v přírodním parku), Vela, Solisko nebo Tesák. Cenná luční splolečenstva jsou chráněna většinou jako přírodní památka (Pod Kozincem, Skalka-Polomsko). Netypická je PP Bezedník (rybník).