Větší část území Hostýnských vrchů se nachází v podhorském stupni a potenciální přirozenou vegetací jsou zde karpatské bučiny (s kyčelnicí devítilistou, mařinkou vonnou, bažankou vytrvalou) a acidofilní bučiny s chudým bylinným patrem (bika hajní, brusnice borůvka). Ostrůvkovitě se vyskytují suťové lesy (měsíčnice vytrvalá, udatna lesní, hluchavka skvrnitá). V pahorkatinném stupni tvoří přirozenou vegetaci karpatské dubohabřiny (ostřice chlupatá, sasanka hajní, hvězdnatec zubatý). Vegetace podél potoků je zastoupena údolními jasanovo-olšovými luhy (mokrýš střídavolistý, vrbina hajní, čarovník pařížský). Lesní lemy jsou tvořeny vegetací mezofilních bylinných lemů (černýš hajní, kručinka barvířská) a suchých bylinných lemů (kakost krvavý). Významný podíl vegetace tvoří uměle vysazené jehličnaté lesy. Z dalších lesních druhů se vyskytuje např. řeřišnice trojlistá a sněženka podsněžník.
Luční vegetace vznikla odlesňováním a zemědělským hospodařením (kosení, přepásání). Polopřirozenou vegetací jsou ovsíkové louky s druhově bohatými společenstvy (ovsík vyvýšený, kostřava červená, prstnatec Fuchsův, řebříček obecný), krátkostébelná pastvinná společenstva a karpatské psinečkové pastviny (psineček obecný, smilka tuhá, prstnatec bezový, hvozdík kropenatý). Na vlhkých místech je přítomna vegetace vlhkých pcháčových luk (blatouch bahenní, kosatec sibiřský, prstnatec májový, skřípina lesní) a střídavě vlhkých bezkolencových luk. K vzácným lučním druhům patří snědek pyrenejský kulatoplodý. Z chráněných druhů orchidejí je to prstnatec Fuchsův nebo vstavač bledý, k již vyhynulým patří rudohlávek jehlancovitý. Maloplošně je rozšířena například vegetace pramenišť (ostřice Davallova, kruštík bahenní, suchopýr úzkolistý), přechodových rašelinišť a podhorských vřesovišť.